Muitas vezes, segundo consta a história, recorria a cruéis disciplinas, para mais perfeito holocausto à justiça Divina.

“ (…) porque vestida de firme esperança que em Deos tinha, confiava que aquella vez cumpririam seus desejos. Vestiu-se muito ricamente, e com muita pedraria, de junto da carne levava o áspero cilício, e camisa de lãa, e acompanhada de todas as suas donzellas, de todos os mais officiaes de pessoas de sua casa, como convinha a seu real estado, encomendando-se primeiro muito a nosso Senhor, …”

Passou então, por penitência a usar cilício e túnicas de estamenha grossa e áspera, por baixo das de Holanda fina. Assim assistia às festas da corte, cobrindo os instrumentos de penitência com pedrarias e panos dourados.

Para os pobres tinha grande caridade, acudindo também com grandes esmolas às cadeias, hospitais e casas religiosas. Na semana Santa, mandavam que lhe levassem doze mulheres pobres, sendo a maior parte estrangeiras e das mais desamparadas, e depois de me grande segredo lhes lavar os pés e lhos beijar, na Quinta-feira, as despedia vestidas de novo e com esmola em dinheiro.

Segundo o costume naquele tempo de ter uma divisa, compôs a sua com uma coroa de espinhos, que mandou pintar em todos os seus aposentos sobre as portas, esmaltar nas jóias e gravar na prata.

Em 1471 quando o seu pai D: Afonso V e o seu Irmão partiram para África para a conquista de Arzila, a Princesa Joana ficou com o encargo da regência do Reino, embora com o amparo do Duque de Bragança D. Afonso.